Orgel boven
Een trap in de westelijke koepel leidt naar de orgelgalerij. Dit eerste orgel, daterend uit 1924, heeft geen monumentale status. Het is vervaardigd door de orgelfabrikant Bern. Pels en Zonen Orgelbouw uit Alkmaar.
Tot de restauratie van 2001-2003 had het zangkoor een plaats boven bij het orgel, maar deze ruimte was al aan de kleine kant. Bij de restauratie werd de ketel van de luchtverwarming recht onder het orgel en het koor geplaatst; via gaten in de balustrade wordt de warme lucht de kerk in geblazen. Hierdoor mogen maximaal 15 personen boven bij het orgel staan. Mede om die reden staat het zangkoor tegenwoordig voor in de kerk bij het tweede orgel.
Tweede orgel
Door de akoestiek in de kerk met de lange nagalmtijd was het niet mogelijk, dat het zangkoor voor in de kerk ging zingen met begeleiding van het oorspronkelijke orgel boven in de kerk. Daarom werd een ander orgel gezocht; de keuze viel op een ‘Van der Meulen orgel’ uit de in 2010 afgebroken Rooms-Katholieke Verrijzeniskerk in Hilversum. Dit orgel bezit 21 registers verdeeld over hoofdwerk, pedaal en positief. De mobiele speeltafel bevat een Mechels pedaal. Het orgel heeft een kleiner volume dan het Pels orgel boven in de kerk. Het orgel is gekocht door de Stichting Vrienden van de Agatha en aan de kerk geschonken.